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隨著測序成本越來越低,一些重要物種數據呈指數級積累,其中蘊含著巨大價值。物種數據研究能為解答基因組進化學、系統發育學問題提供參考,有利于指導育種工作及保護物種多樣性。因此構建物種數據庫具有重要意義:

01物種數據庫可作為系統性的展示、查詢、分析的平臺:實現物種多組學數據的高效檢索、保存、調用、分析及深度挖掘。

02一些具備創新特性的數據庫也可單獨作為一項研究成果在SCI論文中進行展示。

03通過共享云用戶的訪問,可提升第三方數據庫的知名度,部分重要物種信息、重要分析結果可以收費下載,為進一步維護數據庫和科研工作提供資金。

04共享研究成果,促進業內交流:數據庫可作為研究論文的補充,展示研究細節,也便于其他研究者基于數據庫的數據進行進一步的探索,從而提升國內相關領域整體研究水平。

 

1.百邁客云物種數據庫概述

百邁客作為一家擁有深厚基因組學數據分析行業背景的大數據挖掘分析公司,致力于為用戶設計更貼合使用習慣的基因組學數據庫系統,在2017年正式推出搭建百邁客云物種數據庫的服務。

簡單來說,百邁客云物種數據庫是針對物種基因組學數據的存儲、管理、查詢、分析的數據庫系統。用戶基于Web操作界面即可實現數據的增刪改查等操作,還可以利用數據庫部署的簡單分析工具或結合百邁客云賬號進行數據挖掘分析。

說了那么多是不是有些心動了呢?

跟隨小編一起看下百邁客云物種數據庫核心優勢有哪些。

2.百邁客云物種數據庫優勢

多維度部署:多組學數據(轉錄組、基因組、重測序數據)高度整合與部署快捷部署:模塊化的數據庫底層設計,可基于需求抽取底層庫標準化數據存儲檢索模塊及頁面樣式模塊,快速完成在本地服務器或百邁客云數據庫用戶服務集群上的部署

操作更簡單:后臺管理權限,甲方無需配備專業IT運維和美工,在乙方培訓后,即可完成后期的數據增加、刪除等更新操作

查詢調用更高效:代替原始的硬盤存儲+手動查找的傳統數據管理模式,引入互聯網領域的數據庫技術,可將各時間點、各空間點、各類型數據結構化地存儲于統一的數據庫框架中,借助數據庫自動查詢語言與web2.0網頁界面即可實現基因組學數據的高效查詢和調用。避免了傳統數據管理模式下數據丟失率高及檢索困難等問題

數據挖掘更輕松:強大的云平臺支持,可連接百邁客云其他數據庫(八大數據庫,如功能基因庫、參考文獻數據庫等),并可使用百邁客云分析工具(如幾十款分析APP、一百多款小工具),基于APP和小工具完成數據的深度挖掘

 

3.百邁客共建數據庫的成功案例

那么我們看下百邁客有哪些成功案例吧!

中國農科院大豆數據庫(www.soybean-resources.cn)
包含了約1500種大豆種質資源,382個品種的重測序,7套泛基因數據。

 

 

中科院植物所構樹數據庫(papyrifera.biocloud.net)
包含了構樹基因組序列及注釋信息,可進行數據的瀏覽、使用、下載。

4.數據庫搭建流程

01需求論證(2~4周)

用戶設定模塊組合及各模塊對外權限,可選擇部署到本地服務器或托管于百邁客云數據庫專用集群;
乙方完成原型設計,并與甲方確認后核算搭建成本并報價,乙方核算報價,甲方支付20%的預付款。

02開發(3個月)

基于數據庫原型,制定出數據標準化格式、文本需求信息,協助用戶數據準備工作;
依次完成UI設計、前端架構、后端完成底層數據的存儲與頁面相關交付;進行測試驗收。

03交付

雙方共同完成測試后,甲方需在驗收合格10個工作日內支付80%尾款,乙方交付數據庫并協助甲方進行日常維護更新。

04日常維護與更新

每日巡檢,檢查機房用電、溫濕度,服務器硬件報警及維修;
服務器操作系統狀態監控與報警、日常維護、操作系統及軟件版本更新;
服務器生產服務與軟件的狀態監控與報警、版本更新;
數據庫服務狀態監控與報警,數據定期檢查與備份;
甲方在乙方協助下自主完成增刪改等操作。



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