百邁客云平臺——助您輕松搞定GO、 KEGG富集圖繪制

GO、KEGG分類富集圖繪制工具對給定的基因集結合注釋信息繪制GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖。GO分類富集圖是通過對基因進行GO?terms?富集度統計學的分析,計算出基因的P_value和Corrected_P-value,定位基因最可能相關的GO?term。KEGG分類富集圖是可以把顯著的pathway進行富集,有助于找到實驗條件下顯著性變化的生物學調控通路。

適用數據類型:轉錄組研究數據和基因組研究數據
軟件:R包(ggplot2)

操作步驟
登錄百邁客云首頁(www.129561.live)——分析——工具——繪制GO和KEGG富集圖。

操作方法
1.輸入文件

Anno: 是所有基因功能注釋的結果總表,一般百邁客的有參、無參項目中會有這個數據,通常的命名為All_Database_annotation.xls。
Genes_id: 指需要進行分析的基因集文件,txt文本格式,每一行是一個基因的名字。
GO_top_lines:指定前多少行用于GO富集繪圖,在進行GO富集分析的時候,會將結果按P值進行排序,然后挑選前n行進行繪圖,默認為20。

2.注意事項
(1)注釋總表(All_Database_annotation.xls),該文件包含Integrated_Function.anno、Function_anno.stat、GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko等6個工作表,其中GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko這四個必須包含,且命名完全一致。
(2)Genes_id和注釋總表的基因ID相對應;
(3)文件名稱:包含字母數字以及下劃線,不能以數字開頭,不能有空格,不能有特殊字符等。
(4)如果是在百邁客云上分析的結果,只需要在項目結果中找到All_Database_annotation.xls文件輸入即可。如果不是在百邁客做的項目,沒有這個文件,您需要先將FASTA格式的文件在云平臺的“基因功能注釋”小工具中得到All_Database_annotation.xls,如下示意圖。

3.結果說明
該結果包含兩個文件GO和KEGG

GO包含以下文件:

其中go_enrichment.png是GO富集結果圖,選擇置信度Pvalue最高的20個繪制通路富集圖;GO.Classification.png是GO分類圖。

KEGG包含以下文件:

KEGG.Classification.png是KEGG分類圖。

案例展示
百邁客云平臺的GO、KEGG分類富集圖繪制小工具得到了許多老師的認可,目前已經有一些老師運用這款小工具發表了文章,比如鄭州大學安秀麗老師課題組對四倍體與二倍體蕪菁轉錄組比較分析的研究中運用了GO、KEGG分類富集圖繪制工具,文章發表在《Frontiers in Plant Science》雜志上。

此外,中國農業科學院油料作物研究所的胡瓊老師課題組對參與油菜分蘗調控相關信號通路的研究中也運用了GO、KEGG分類富集圖繪制工具,文章發表在《Int J Mol Sci》雜志上。

百邁客云平臺是由北京百邁客生物科技有限公司開發,集生物信息分析軟件、數據庫以及云計算為一體的生物大數據分析平臺。GO、KEGG分類富集圖繪制小工具就介紹到這里了,請關注百邁客云微信公眾號,后期會有更多小工具的介紹和操作指引,如果您在操作過程中遇到任何問題都可以聯系咱們的云客服,歡迎點擊屏幕右下方客服圖像進入咨詢環節。

參考文獻:
1. Zhao R, Feng J, Yin X, et al. Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis.[J]. Water Research, 2018, 134:126–139.
2. Cheng H, Hao M, Wang W, et al. Integrative RNA- and miRNA-Profile Analysis Reveals a Likely Role of BR and Auxin Signaling in Branch Angle Regulation ofB. napus:[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2017, 18(5):887.

 



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